Экосистемный уровень - это эпидемиологическая экосистема, т. е. паразитарная система (взаимодействие популяций паразита и его биологических хозяев) в сочетании с окружающей ее природной экологической средой. На экосистемном уровне реализуется принцип саморегуляции на основе положительных и отрицательных обратных связей, свойственный всем живым системам.
Одним из механизмов саморегуляции паразитарных систем является реализуемый в них общебиологический принцип гено- и фенотипической неоднородности структуры составляющих их популяций паразита, переносчиков и биологических хозяев. Составным звеном механизма саморегуляции эпидемиологической экосистемы является и механизм передачи паразитов, обеспечивающий взаимодействие их популяций с популяциями переносчиков и биологических хозяев внутри паразитической системы и взаимодействие последней с абиотическими объектами окружающей среды (вода, почва и др.), местом обитания и факторами передачи паразита.
Паразитарная система дискретна, т. е. состоит из отдельных бей в популяции хозяина, в организме каждой из которых разевается инфекционный процесс в виде клинически выраженных заболеваний или носительства. Инфекционный процесс служит причиной формирования источников возбудителя инфекции. Реализация того или иного механизма передачи превращает взаимодействие паразита и хозяина на организменном уровне в межпо-пуляционное взаимодействие. Поэтому экосистемный уровень эпидемического процесса включает в себя иерархию множества «инфекционных» процессов. Без учета роли механизма передачи понятие «взаимодействие популяций паразита и хозяина» становится умозрительной абстракцией.